A St. Thomas School foi o empreendimento dos sonhos de um jovem Keralite estabelecido em uma cidade industrial de Bahadurgarh, no norte da Índia. Sobrecarregado pelas limitações de trabalhar sob administração e dividido entre oferecer oportunidades aos privilegiados e não aos merecedores, o Sr. N. Thomaskutty, o filho mais velho de professores orgulhosos de sua profissão, decidiu abrir uma escola com base em seus ideais cristãos. Embora a decisão de iniciar o STS parecesse uma reação impulsiva, com o tempo provou ser a vontade de Deus em ação.
A escola teve um começo muito humilde em 6 de abril de 1995 na casa do Prof. D.B. Malik.